আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা পাকিস্তান সরকার ১৯৬৮ সালের জানুয়ারি মাসে আওয়ামী লীগ প্রধান শেখ মুজিবুর রহমানকে প্রধান আসামি করে সেনাবাহিনীর কয়েকজন কর্মরত ও প্রাক্তন সদস্য এবং ঊর্ধ্বতন সরকারি অফিসারদের বিরুদ্ধে যে মামলা দায়ের করে তা আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা নামে পরিচিত। তাদের বিরুদ্ধে অভিযোগ ছিল যে, তারা ভারত সরকারের সহায়তায় সশস্ত্র অভ্যুত্থানের মাধ্যমে পূর্ব পাকিস্তানকে পাকিস্তান থেকে বিচ্ছিন্ন করার ষড়যন্ত্রে লিপ্ত ছিলেন। এই মামলার আসামি ছিল ৩৫ জন। আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা প্রত্যাহার করা হয় ২২ ফেব্রুয়ারি, ১৯৬৯ সালে।